주님의 교회 제자훈련의 목적은 우리를 이땅에 보내신 하나님의 목적을 깨닫고, 우리가 거하는 삶의 자리에서 예수님의 제자로 살아가게 하는 것입니다.

주님의 교회 제자훈련은 전인적 치유를 시작으로 동행하는 삶, 하나님의 경륜으로 진행됩니다. 
그 외에도 말씀묵상, 기도생활, 중보기도, 믿음의 생활 등 다양한 제자훈련 프로그램이 있습니다.
현재는 주일오전예배 말씀을 통해 제자훈련이 진행되고 있습니다.